Set in the near future around Shinjuku, Tokyo. Shinji got out from a youth detention center. Barikan suffers from stuttering and extreme shyness. These two men meet in a boxing gym. Shinji and Barikan become friends and pursue boxing under a hopeless situation.

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一切始于一本书。 一本支配一切的书，一本很久以前的“全知全能的书”，它能够引出异世界的力量。这本书受到“圣剑”和“被选中的剑士”的保护，世界的平衡得到了保障。几千年前，围绕着全知全能的书籍，爆发了战争。书籍流落到了世界各地，平衡被打破。全知全能的书成为了失落的传说。 时间流逝，到了现代。主角飞羽真做了梦。梦到了剑士与魔物之间的战斗。还有一名神秘的女孩寻求帮助。他从梦中醒来回到现实中时，身边总会有着一本他一直十分珍惜的立体绘本。他读这本书时，总会做一个梦。但是他完全不知道那个女孩是谁，又到底发生了什么事。调整一下心态，每天的日常生活就又开始了。但那根本不是梦，日常生活很轻易地就崩溃了。 一切毫无预兆地发生了。神秘现象骤然出现，城市的一部分突然消失了。巨洞出现，人们都倍感震惊混乱。 另一方面，失踪的部分出现在了一个神秘的世界。人们茫然无措，人群骚动不已。飞羽真就在其中。他抚慰了哭泣的孩子，并承诺一定会回到原来的世界。然后，异世界的城市突发剧变。随剧变一起到来的还有神秘怪物。似乎是在响应飞羽真心中“一定会拯救！”的念头，一把火剑出现了。拿起剑的那一刻，飞羽真就变成了拥有龙之力量的剑士。拯救世界，城市，人民和书籍的无尽战斗，现在开始了。

丹顿残党妄图干扰人类世界，马拉、卡米尤与罗贝斯将深海花音从眼魔世界带出，想利用她实现丹顿的野心。然而天空寺尊接到消息后火速赶来，激烈的战斗过后，花音独自逃脱，来到外界寻找哥哥深海诚。天灾发现花音是人造人，因此十分感兴趣，想要认花音当妹妹。两人纠缠之际，假面骑士圣刃，也就是神山飞羽真正好经过，仗义出手和天灾打了起来。随后众人发现看似柔弱的花音实力深不可测，连天灾都在她手上吃了亏。几经周折过后，罗贝斯、天灾、飞羽真还有尊四方势力狭路相逢，飞羽真与尊分别变身为假面骑士圣刃与假面骑士灵骑，两人携手作战，最终战胜了罗贝斯与天灾。尊向花音承诺，一定会帮她找到哥哥深海诚，花音便放心跟着谢贝尔走了。然而在回大天空寺的途中，马拉与卡米尤突然出现，再次劫走了花音。

两个学生突发奇想，确定硬闯老城区寻找传说中的刃，结果遭遇看家老人。老人给他们展示了传说中刃的独门绝技，而这一切就好像一个荒诞的梦。

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经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳（香川照之 饰）操纵女医师高荷惠（苍井优 饰）研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫（吉川晃司 饰）引起了前新選组头目斋藤一（江口洋介 饰）的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心（佐藤健 饰）登场。寄居在神谷道场的绯村渐渐融入神谷薫（武井咲 饰）和周边庶民的平和生活之中。然而武田欲壑难平，为了保护善良的人，剑心不得不拔出逆刃刀和相乐佐之助（青木崇高 饰）勇闯虎穴…… 　　本片根据漫画家和月伸宏的经典原作改编。